Uma área de habitat favorável para o lince, um território de caça para a águia-real, uma zona húmida para a reprodução dos anfíbios, uma escarpa onde nidificam grifos, uma zona de pastagem onde cresce um planta rara, um moinho de vento que serve para nidificação de peneireiros, um bosque com espécies autóctones ou até um único carvalho milenar, são apenas alguns exemplos de potenciais valores a custodiar. A custódia da natureza procura, como objectivo final, conservar os ecossistemas que prestam serviços de interesse comum, podendo incluir os habitats e espécies de fauna e flora que têm interesse atendendo à sua raridade, à sua vulnerabilidade, ao seu estado de conservação ou outros critérios. Mas não é só isto.

Os Contratos de Custódia também podem estabelecer-se para recuperar ecossistemas ou paisagens com importantes funções ecológicas ou paisagísticas, como é exemplo, a recuperação de uma área de antigas pedreiras ou a manutenção daquela paisagem tão emblemática de envolve a vila ou a aldeia, e que é tão valorizada pelas gentes locais, e cujo usufruto estético é tão apreciada pelo público em geral. Neste âmbito há que não descurar a envolvente agrícola.

Isto porque, como é bem sabido, muitas actividades agrícolas contribuem para a manutenção de uma diversidade biológica com enorme interesse para além de que, essas paisagens humanizadas são a identidade de determinada zona e um atractivo estético muito relevante. A pseudo-estepe cerealífera do Baixo Alentejo, a lezíria, o montado de sobro e azinho, são alguns exemplos de como a actividade agro-silvo-pastoril através de técnicas adequadas alia a diversidade biológica, a conservação e o aproveitamento económico dos ecossistemas. Como tal, a custódia da natureza é especialmente útil como mecanismo de preservação estrita de valores naturais e/ou culturais e de gestão sustentável de ecossistemas ameaçados pela simplificação paisagística, diminuição da diversidade e limitação das funções ecológicas. Trata-se pois de um modelo perfeitamente viável em áreas onde a terra, a água e os recursos são explorados economicamente pelos proprietários ou por outros utilizadores de forma compatível com a conservação dos ecossistemas.